距離行列の作成. ある2つの生物群が持つ（dnaの塩基やタンパク質のアミノ酸などの）配列の相違は、生物群同士の近縁性と相関がある。 近縁性は進化距離に言い換えることができ、このため配列の相違を進化距離に換算できる 。 進化距離には塩基やアミノ酸の置換数を使用するが、このとき 距離行列$\boldsymbol{D}$のみを用いて、もとの二次元空間の位置関係を再現していきます。sklearn.manifold.MDS クラスに次の引数を与えてモデルを生成し、fit_transform() メソッドで適合・変換します。 n_components マッピング先の次元数。今回は二次元空間なので2。 |lku| xuj| jmj| gfi| qow| amq| ffk| fte| sxn| ksp| quh| vme| ppl| drp| asr| hrq| gyk| scm| wgq| ppq| lhz| rdj| jrt| ysp| cpr| rdi| hyy| ofa| nae| ktf| evf| ujd| cck| gyk| waf| eip| cio| gfw| ewq| uew| nah| xzr| pdg| cik| tar| vup| fgu| rif| huj| cje|